A Pokémon Conquest-ben egy fiatal hadúr szerepét veheted föl, aki különleges kapcsolatban áll egy Pokémonnal. A Pokémonoddal együtt kell útrakelned, hogy harcostársakat gyűjts magad mellé, ezzel is erősítve a királyságod. A kaland során különböző Pokémonokkal, valamint más harcosokkal és hadurakkal is találkozhatsz. Ezeket a szereplőket a feudális Japán időszakának híres történelmi alakjai ihlették, akiket a Nobunaga’s Ambition játéksorozat rajongói is bizonyára felismernek majd. A játékban közel 200 Pokémon található, amelyek közül több a Pokémon Black és White Version játékokból lett átemelve.
Ahogy a csatatér megnyílik a Pokémon Conquest játékában, ki kell választanod a helyes Pokémon típust, hogy a legnagyobb csapást mérhesd az ellenfeledre. A körökre osztott harcok során a taktikát is gondosan kell kidolgoznod, hogy az intenzív, akár hatfős küzdelmek felételei a te kedved szerint változhassanak. A folyton átalakuló csaták miatt mindig észnél kell lenned, hogy nehogy meglepetések érjenek!
Végre egy új módon is játszhatsz kedvenc Pokémonjaiddal egy olyan földön, ahol a harcosok és Pokémonjaik között különleges összekötő kapocs van!